FWAlgaeDB包括搜索模塊、BLAST比對(duì)分析、基因組數(shù)據(jù)集(FWAlgae pool)/功能注釋文件(annotation)模塊，可以實(shí)現(xiàn)網(wǎng)站內(nèi)的快速檢索、相似性比對(duì)及基因組/注釋文件的免費(fèi)下載。
FWAlgaeDB集成了一個(gè)智能搜索模塊，可以幫助研究人員快速檢索感興趣的數(shù)據(jù)。FWAlgaeDB支持不同的搜索方法：①輸入分類學(xué)術(shù)語檢索（支持不同分類學(xué)水平，如綱，目，科，屬等），網(wǎng)站會(huì)輸出相應(yīng)水平上的物種列表以供選擇。研究人員確定目標(biāo)物種后，可以點(diǎn)擊并跳轉(zhuǎn)到特定頁(yè)面瀏覽、下載相關(guān)數(shù)據(jù)。②精確檢索，通過物種的科學(xué)名稱、數(shù)據(jù)庫(kù)編號(hào)或NCBI分類號(hào)來精確檢索物種信息。FWAlgaeDB使用模糊匹配算法，即使搜索字符串或拼寫不完整，也可以根據(jù)潛在相關(guān)性輸出搜索結(jié)果。
展示204個(gè)淡水藻類的分類信息和基因組序列。淡水藻類的屬和種按字母順序排列在瀏覽界面上。每個(gè)物種都鏈接到一個(gè)特定的頁(yè)面，包含其生物分類學(xué)信息、生活環(huán)境、NCBI登錄號(hào)、地理分布、參考圖片和相關(guān)文獻(xiàn)，以及可下載的基因組序列。在本頁(yè)面，研究人員可以下載相應(yīng)的FASTA格式的基因組序列。此外，單擊藻類名稱將直接進(jìn)入Annotation下載界面。
注釋界面以表格形式呈現(xiàn)，研究人員可以單獨(dú)選擇或一鍵打包Genome、CDS、Protein和不同的數(shù)據(jù)庫(kù)注釋文件進(jìn)行下載。為了更好地了解藻類基因組信息，我們還收集并注釋了204種藻類的主要基因家族，包括ABC transport、細(xì)胞色素p450、轉(zhuǎn)座酶、藻毒素基因簇等，供研究人員免費(fèi)下載使用。本頁(yè)內(nèi)嵌的搜索工具也支持通過物種名稱或數(shù)據(jù)庫(kù)ID進(jìn)行精確搜索。
FWAlgaeDB集成了BLASTN/BLASTP比對(duì)工具，研究人員能夠?qū)⒋樵冃蛄?核苷酸或氨基酸序列)與整個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)進(jìn)行比對(duì)，并獲得BLAST比對(duì)報(bào)告。研究人員可以在操作界面中粘貼FASTA序列或上傳序列文件，快速搜索數(shù)據(jù)庫(kù)中與待查詢基因組或蛋白質(zhì)序列相匹配的物種列表。數(shù)據(jù)庫(kù)支持BLASTN、MEGABLAST和Discontiguous MEGABLAST比對(duì)，且可以使用高級(jí)命令行參數(shù)對(duì)搜索進(jìn)行優(yōu)化。